El Sumo Pontífice realizó una visita pastoral a Constantinolpla donde fue recibido por más de 15,000 fieles con velas encendidas en las manos, y estandartes. El Papa presidió solemnemente las fiestas de Navidad, y luego exhortó a los feligreses a mantenerse firmes en la fe, evitando caer en las herejías. Paralelamente, el emperador Justino se mantuvo firme en su decisión, lo cual enfureció al rey italiano quien mandó a llamar al Papa Juan y lo encerró en un oscuro calabozo. Los constantes maltratos y suplicios sufridos por el santo Papa en la cárcel, junto con otros mártires más, provocó su muerte a los pocos meses de haber sido tomado prisionero.Junto con el Papa fueron martirizados también sus dos grandes consejeros, Boecio y Símaco.
Y dicen los historiadores que el rey Teodorico sintió tan grande remordimiento por haber hecho morir a San Juan Primero, que en adelante lo veía hasta en los pescados que le servían en el almuerzo.
Murió en Ravena, el 18 ó 19 de mayo (según los cálculos aceptados popularmente) del año 526. Toscano por nacimiento, e hijo de Constancio, fue elegido papa el 13 de agosto del año 523, después de un periodo de interregno de siete días, y ocupó la sede apostólica durante dos años, nueve meses y siete días. No sabemos nada acerca de su administración, puesto que su bulario contiene tan sólo dos cartas dirigidas a un Arzobispo Zacarías y a los Obispos de Italia, respectivamente, y, además, sabemos que son apócrifas. Sólo tenemos información aunque, lamentablemente, muy vaga sobre un viaje que hizo a Constantinopla, que tuvo consecuencias de gran importancia y que fue la causa de su muerte.El emperador Justino, en su celo por la ortodoxia, había emitido en el año 523 un duro decreto contra los arrianos obligándoles, entre otras cosas, a devolver a los cristianos las iglesias que habían ocupado. Teodorico, rey de los ostrogodos y de Italia, ardiente defensor del arrianismo, se sintió profundamente ofendido por estas medidas dirigidas contra sus correligionarios en Oriente y, además, estaba tremendamente disgustado al ver cómo se estrechaba el mutuo entendimiento entre las iglesias latina y griega, lo cual podría favorecer ciertos acuerdos secretos, entre los senadores de Roma y de la Corte Bizantina, tendentes al restablecimiento de la autoridad imperial en Italia. Con objeto de presionar al emperador y forzarle a atemperar su política de represión respecto a los herejes, Teodorico le envió, a principios del año 525, una embajada compuesta por senadores romanos, al frente de la cual puso al papa, con el encargo de asegurar la revocación del edicto del año 523 y de instar al emperador, si hemos de creer lo que se dice en "Anonymous Valesianus", a que facilitase el retorno al arrianismo a los arrianos que habían sido convertidos.
Se ha discutido mucho acerca del papel que jugó Juan I en este asunto. Las fuentes que nos permiten su estudio no son precisamente explícitas y se reducen a cuatro: "Anonymous Valesianus", citado anteriormente; el "Liber Pontificalis"; el "Liber in gloria martyrum", de Gregorio de Tours; y el "Liber Pontificalis Ecclesiæ Ravennatis". Pero está fuera de toda duda que el papa tan sólo pudo aconsejar al emperador que actuara con amabilidad y discreción respecto a los arrianos; su posición como jefe de la iglesia le impedía invitarle a que favoreciera la herejía. Que este análisis de la situación es correcto resulta evidente si se tiene en cuenta el recibimiento que se le hizo al papa en Oriente (un recibimiento que no hubiera sido precisamente amable, existiendo una oposición de los embajadores de Roma al emperador y a sus súbditos cristianos, en su lucha contra los arrianos). Los habitantes de Constantinopla acudieron en multitud a recibir a Juan. El emperador Justino, al saludarle, se postró ante él y, algún tiempo más tarde, se hizo coronar por el papa. Todos los patriarcas de Oriente se apresuraron a manifestar su comunión en la fe con el supremo pontífice; tan sólo Timoteo de Alejandría, que se había mostrado hostil al Concilio de Calcedonia, se mantuvo distante. Finalmente, el papa, ejerciendo su derecho de precedencia sobre Epifanio, Patriarca de Constantinopla, celebró solemnemente los oficios en Santa Sofía por el rito latino el 19 de abril del año 526, día de Pascua de Resurrección. Inmediatamente después inició su regreso a Occidente
Si este brillante recibimiento hecho a Juan I por parte del emperador, el clero y los fieles de Oriente prueba que la actuación del papa, como supremo pastor de la Iglesia, fue la adecuada, el comportamiento tan diferente de Teodorico hacia él, cuando regresó, es una prueba no menos evidente. Este monarca, enfurecido al comprobar el resurgimiento del partido nacional en Italia, acababa de manchar sus manos con el asesinato de Boecio, el gran filósofo, y de Símaco, su cuñado. Estaba irritado contra el papa, porque su embajada había tenido un éxito muy distinto del que él, Teodorico, había deseado y porque sospechaba que había favorecido a los defensores de la antigua libertad de Roma. En cuanto Juan, de regreso de su viaje, desembarcó en Italia, Teodorico lo hizo arrestar y mandó que lo encarcelaran en Ravena. Rendido por las fatigas del viaje y sometido a severas privaciones, Juan murió muy pronto en la prisión.Su cuerpo fue trasladado a Roma y sepultado en la Basílica de San Pedro. En su epitafio no hay ninguna alusión a su histórica misión. La Iglesia Católica lo tiene entre sus mártires y lo conmemora el 27 de mayo, lección novena del Breviario Romano, pues es esa la fecha que le ha sido consagrada.
The Catholic Encyclopedia, Volume I
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